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龍鳳宮源溯於山東濟南歷城縣。有位質樸之朱氏農戶諱名清，篤信神佛，時常登謁
泰山碧霞祠膜拜。碧霞元君為其虔誠所感，遂於清康熙元年端月，顯化諭示朱氏積極籌劃，渡洋蓬島宣化濟世。朱氏恪遵聖示，虔誠彫塑元君乘鸞金身寶像渡洋來台，同年梅月移駕北蓬島士林皇母寺，適時紫氣氳庭香火鼎盛。 慕名朝聖者，絡驛不絕。清光緒年間，東瀛帝國入侵，烽火連天，生靈塗炭。元君慈憫，無時無地顯威救劫。
民國二年，善信陳氏本安，自皇母寺恭迎元君金身，移駕打狗鳳山郡朝聖寺駐駕，翌年正值南台灣沿海地帶瘟疫肆虐，元君再度顯露，化身秀穎閨女，奔走市井，解囊行醫，救人無數，贏得「菩薩心腸大姑娘」之雅號。
民國四十九年某夜，元君再度顯化，託夢朱氏鴻山，囑咐日後聖業推展之重責大任，正當為聖業奔波期間，元君應化顯靈，不可思議，靈顯事蹟，眾諸善信，莫不稱奇。
民國五十二年玉旨欽賜「龍鳳宮」堂號。至民國六十三年間由朱氏昆仲迎請聖駕至前鎮區新草衙，行世渡化，元君神庥廣被，救厄拔苦。善信大德感念元君恩澤，均慷慨解囊籌資動土，於民國七十年完成現址「龍鳳宮」。
莊嚴堂貌民國八十一年成立「御書院鳳鸞堂」扶鸞闡教，著書行化廣渡眾生。